Njihovi programi, prireditve in aktivnosti so namenjeni mladostnikom in odraslim, ljubiteljem sodobne umetnosti in urbane kulture. Prav tako ima tudi status mladinskega centra. V organizaciji zavoda letno poteka preko 300 prireditev (festivali, razstave, delavnice, literarni dogodki, performansi, predstave, predavanja, okrogle mize, pogovori, simpoziji, mladinske izmenjave, instalacije, urbane in ulične akcije, konference, usposabljanja, nastopi, knjižni sejem, multimedijski dogodki …), ki potekajo v lastnih prostorih (galerija Media Nox, Kulturni inkubator, Hostel Pekarna) ali z njimi – pogosto v partnerstvu z drugimi organizatorji in akterji na področju kulture in mladine – gostujejo na različnih lokacijah in prireditvenih prostorih v Mariboru in drugod.

Programi zavoda so strukturirani v obliki rednih programskih dejavnosti ter stalnih in občasnih projektov. Med redne programske dejavnosti spadajo literarni festival Slovenski dnevi knjige v Mariboru, mednarodni festival računalniške umetnosti MFRU, celoletni literarni program MKC Črka, sodobne likovne dejavnosti, ki potekajo v okviru galerije Media Nox, programi mladinskega in multimedijskega centra Kulturni inkubator, mladinski programi Živa knjižnica Maribor, Banka idej – Lokalni sklad za mlade z idejami, Maribor skozi rožnata očala ter projekt Mladi Maribor. Projekt Mladi Maribor predstavlja trajnostni učinek projekta Evropska prestolnica mladih Maribor 2013, v sklopu katerega se organizira festival Mladi Maribor ter upravlja s spletnim portalom www.mladimaribor.si, ki predstavlja in promovira celoten mladinski sektor v mestu. Platforma Mladi Maribor je v letu 2021 bila deležna celovite prenove in hkrati širitve v obliki aplikacij za pametne telefone.

Med stalnimi in občasnimi projekti MKC Maribor izvaja tudi različne glasbene aktivnosti (npr. festival Jazz´ma mlade, glasbene delavnice …), mednarodne mladinske izmenjave, različna usposabljanja za mlade in mladinske delavce …

Zavod ima od junija 2011 sedež in domicil v Upravni zgradbi Kulturnega centra Pekarna, Ob železnici 16, kjer se nahajajo upravni prostori zavoda ter Hostel Pekarna. Hostel Pekarna, ki se ponaša z laskavim nazivom najboljši in najgostoljubnejši mladinski hotel 2017 in 2021 po izboru Turistične zveze Slovenije, nudi ugodne namestitve v sedmih štiriposteljnih sobah s kopalnicami ter v mansardi, kjer je urejen rezidenčni center. V preteklih letih je hostel uspešno pridobil tudi naziva Pohodnikom prijazni ponudnik namestitev ter Kolesarjem prijazni ponudnik namestitev.

MKC Maribor zaposluje dvanajst redno zaposlenih sodelavk in sodelavcev, ter letno sodeluje s preko 60 nevladnimi organizacijami, z več kot 150 umetniki in samozaposlenimi v kulturi ter z okrog 1000 mladimi, ki aktivno participirajo v programu MKC Maribor za mlade.

Izbrani programi in projekti MKC Maribor so bili uvrščeni v program Evropske prestolnice kulture 2012 ter v program Evropske prestolnice mladih 2013.